La historia de SETEM Madrid comienza con las estancias de grupos de voluntarios en Guinea Ecuatorial durante los veranos de los años 80, tras las cuales se comenzó a organizar SETEM en la capital, cuya asociación fue creada en 1991. Debido a la prohibición del gobierno guineano a la entrada de cooperantes, se diversificó el número de países en los que se organizaron Campos de Solidaridad y comenzó a realizarse el Ciclo de Educación para el Desarrollo que realiza en 2006 su XV edición.

SETEM Madrid nació en el entorno de los Padres Escolapios y a mediados de los años 90 pasó a ser una organización independiente, al margen de ideologías e intereses políticos, que denuncia, propone, difunde y promueve alternativas que contribuyen a construir un mundo en el que se respete la dignidad de todas las personas. 

Durante la segunda mitad de los años 90 SETEM Madrid experimentó su mayor crecimiento, adhiriéndose a campañas de información y denuncia, como la iniciativa internacional Campaña Ropa Limpia (CRL), potenciando  actividades de Educación para el Desarrollo y dando a conocer a la sociedad española el Comercio Justo. Con la llegada del nuevo siglo, SETEM ha apostado además por las Finanzas Éticas para el Desarrollo como sistema de transformación social.

En 1996, SETEM Madrid, en su apuesta por la difusión del Comercio Justo, abre en el número 50 de la Calle Gaztambide la Tienda de Comercio Justo SETEM, escaparate y punto de concienciación hacia un comercio alternativo que promueva el desarrollo y la dignidad de las personas productoras en los países del Sur.

La Tienda de Comercio Justo de SETEM es hoy un proyecto consolidado cuyos  resultados han permitido acometer una reforma total durante el verano de 2005 incrementando su tamaño, capacidad y oferta con el fin de apoyar a más grupos de productores y artesanos de Comercio Justo y de permitir a los consumidores ejercer un consumo responsable con la gama más completa posible en una las tiendas de Comercio Justo más grandes de España.

SETEM Madrid impulsa desde 2002 el programa El Buen Café es Bueno para Todos que suministra en la actualidad café de Comercio Justo a 50 máquinas automáticas de bebidas calientes y que en 2005 ha distribuido más de 4.000 kilos en vending y hostelería.
 

Ha realizado tres eventos de sensibilización que han marcado hitos importantes en nuestra historia y en la del movimiento del Comercio Justo en España: los Foros Internacionales de Comercio Justo, celebrados en enero de 1997 y en mayo de 2001, y la Gran Fiesta del Comercio Justo, celebrada en Madrid en 2006 y 2007.

En 2007 SETEM ha abierto una nueva sede, espacio-multiactividad y tienda en Talavera de la Reina (Toledo), ofreciendo a la población de Castilla-La Mancha acceder al Consumo Responsable del comercio Justo.

SETEM Madrid cumple todos los Principios de Transparencia y Buenas Prácticas analizados por la Fundación Lealtad desde 2001. Informe Fundación Lealtad 2005